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    DNA親和純化測序(DAP-seq)技術服務

    簡要描述:DAP-seq技術的出現,使TFBS 的研究不再局限于物種,不再受抗體質量的限制,為生命科學領域轉錄因子的研究提供了新的有效工具。我們可為您提供DNA親和純化測序(DAP-seq)技術服務和個性化數據分析,具有100多個物種,1000多個轉錄因子的實驗經驗,歡迎咨詢。

    • 產品型號:
    • 廠商性質:生產廠家
    • 更新時間:2023-06-02
    • 訪  問  量:675

    詳細介紹

    DNA親和純化測序(DAP-seq)技術服務

    在功能基因組學和表觀遺傳學研究中,轉錄因子結合位點(TFBS)的發掘一直是研究熱點。傳統的ChIP-seq(染色質免疫共沉淀測序)方法,在抗體質量很好的情況下能夠有效檢測到TFBS。然而,好的抗體可遇不可求,這限制了ChIP-seq更廣泛的應用。DAP-seq技術的出現,使TFBS 的研究不再局限于物種,不再受抗體質量的限制,為生命科學領域轉錄因子的研究提供了新的有效工具。


    DAP-seq與ChIP-seq技術對比:

    技術名稱 DAP-seq ChIP-seq
    實驗模式 體外 體內
    是否需要特異性抗體
    是否適用于非模式物種
    時間成本
    是否高通量

     

     

    服務項目 周期 交付結果 報價
    蛋白表達載體構建 1-2周

    構建載體的測序結果

    實驗過程圖

    原始測序數據

    分析結果

    詳細報價請咨詢

    蛋白無細胞表達 1-2周
    DAP-seq文庫構建 1周
    DNA親和純化 1-2周
    上機測序 2周
    標準數據分析 2周

     

    生信分析

     

    • 對原始數據進行去除接頭、污染序列及低質量 reads 的處理

    • 數據產出統計

    • 參考序列比對分析  

    • 測序reads富集區域掃描(peak calling)

    • Peak在基因功能元件上的分布統計

    • Peak序列模式發掘(motif search)

    • 已知motif注釋

    • Peak相關基因鑒定

    • Peak相關基因的GO和KEGG富集分析

    • 測序數據的可視化分析

     

    項目可行性分析

    開展項目之前,我們會根據您具體的轉錄因子做可行性分析報告,供您參考,從多個方面進行可行性分析,包括轉錄因子分子量,亞細胞定位預測,跨膜區預測,蛋白質結構域預測、翻譯后修飾預測,并且根據文獻報道和我們的經驗來進行可行性分析。

     

     

    已做物種
    植物
    擬南芥 莖瘤芥 甘藍型油菜 白菜型油菜 不結球白菜 菜心 小麥 大麥 花生
    辣椒 番茄 草莓 黃花棘豆 苦蕎 紅薯 木薯 馬鈴薯 普通煙草
    人參 鴨茅 海島棉 甘蔗 短芒大麥草 二色補血草 煙草 百脈根 芍藥
    丹參 狗尾草 菠菜 玉米 大豆 高粱 藜麥 陸地棉 甜瓜
    黃瓜 葡萄 灰氈毛忍冬 粉葛 三葉青 獼猴桃 香蕉 蒺藜苜蓿 紫花苜蓿
    伴礦景天 苔蘚 地錢 毛果楊 717楊 84K楊 小黑楊 胡楊 山新楊
    小葉楊 歐美楊 大青楊 毛白楊 剛毛檉柳 白樺 光皮樺 油松 毛竹
    麻竹 銀杏 油桐 荔枝 柑橘 甜橙 歐洲云杉 核桃 柿子
    閩楠 木荷 臍橙 板栗 杜梨 蘋果
    櫻桃 麻瘋樹 茶樹 月季        
    動物
    飛蝗 新孢子蟲            
    真菌
    擬輪枝鐮孢菌 豬苓真菌 意大利青霉 草酸青霉 腐霉 金黃殼囊孢 靈芝 糙皮側耳 草菇
    灰蓋鬼傘 蟲草 亞洲鐮刀菌            
    細菌
    路德維希腸桿菌 嗜熱厭氧桿菌 生氮假單胞菌 伯克赫爾德氏菌 布魯氏菌 肺炎克雷伯菌      

     

    我們可為您提供DNA親和純化測序(DAP-seq)技術服務和個性化數據分析,具有100多個物種,1000多個轉錄因子的實驗經驗,歡迎咨詢。


    參考文獻:

    O'Malley RC, Huang SC, Song L, Lewsey MG, Bartlett A, Nery JR, Galli M, Gallavotti A, Ecker JR. Cistrome and Epicistrome Features Shape the Regulatory DNA Landscape. Cell. 2016. 165(5):1280-1292. doi: 10.1016/j.cell.2016.04.038.

    Bartlett A, O'Malley RC, Huang SC, Galli M, Nery JR, Gallavotti A, Ecker JR. Mapping genome-wide transcription-factor binding sites using DAP-seq. Nat Protoc. 2017. (8):1659-1672. doi: 10.1038/nprot.2017.055.

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